Se desconoce el lugar de nacimiento del doctor Diego Álvarez Chanca, aunque siempre es mencionado como “natural de Sevilla” y para ello se cita como fuente el encabezamiento que puso el fraile de la Mejorada, tal vez fray Antonio de Aspa, al copiar la carta que en febrero de 1494 desde la Española envió al cabildo de la ciudad hispalense en la que narraban los seis primeros meses de su estancia en el Nuevo Mundo: “porque un doctor Chanca, llamado, natural de Sevilla...”, olvidando que al terminar de trasladar la carta, el mismo fraile menciona a Chanca como “notarial” de Sevilla, esto es, como persona notable o conocida en la ciudad. La única fuente coetánea que cita al galeno es Andrés Bernal, quien en sus Memorias del reinado de los Reyes Católicos al narrar la visita médica a Guacanagarí especifica que estaba allí “el doctor Chanca, médico, vecino de Sevilla”. Bernal, que le conoció, le llama bien a las claras “vecino” y no “natural” de Sevilla.

La primera documentación conocida del doctor nos lo presenta como físico real. Una anotación del contador Gonzalo de Baeza del 12 de junio de 1491 indica que se le habían entregado 30.000 maravedís a cuenta de su sueldo anual en pago a los servicios prestados a la princesa Isabel, a la que, quizá, acompañó a Portugal cuando casó con Alfonso, el hijo del rey Juan II; pues sólo en aquel tiempo pudo Chanca haber visto al rey Alfonso de Portugal.