En plena labor asistencial, el Dr. Álvarez Chanca escribiría, a principios de 1494, 

mostrando su alto espíritu de observación y conocimientos científicos, una Relación o 

Carta al Cabildo de Sevilla, pero realmente a Juan Rodríguez de Fonseca (1431-1524),

que era el deán del Cabildo de la catedral. En ella narraba lo acontecido en ese viaje, 

incluyendo, en un estilo llano y breve, estudios detallados sobre la flora y la fauna de los 

territorios que se iban conociendo del ese nuevo continente y realizando observaciones, 

sobre todo botánicas, y de cómo los indios conocían y utilizaban la raíz de la ipecacuana, 

la coca, la corteza de la quina e incluso el curare. Recogió, además, datos antropológicos 

acerca de los indígenas, indicando sus hábitos, el hecho de ir desnudos o las pinturas que 

usaban sobre el rostro, o algunos modos de vestir, o de construir sus poblados. También 

reflejó las diferencias de carácter y costumbres entre los tainos y caribes, apuntando la 

posibilidad de antropofagia de estos últimos. Eran tribus contra las que, en muchas 

ocasiones, se entablaron cruentas luchas. Además el Dr. Álvarez Chanca pedía en su Carta 

que se le enviasen medicinas y bastimentos por haber muchos enfermos con fiebre "por 

muda-mientos de aires y aguas".

La estancia del Dr. Álvarez Chanca en las Antillas en las Antillas fue realmente 

complicada. Por un lado, la progresiva dureza que mostraría Colón con los nativos, pese 

a las instrucciones recibidas, en especial de la reina Isabel La Católica, para que fuese 

bondadoso con los mismos, enseñándoles el castellano, para que se entendieran mejor, e 

inculcándoles pacíficamente las ideas religiosas. El Almirante sometería a esclavitud a 

muchos de ellos, llegando con el tiempo a que se cuestionase en España su actuación. Por 

otro lado, a lo expuesto se unía la muy posible ambición y abusos de todo tipo de muchos 

de los recién llegados, sobre todo ante las riquezas, especialmente el oro, aunque en el 

Almirante pareció primar, en cierta forma, la colonización. También influyeron las 

enfermedades del propio Colón, al que el Dr. Chanca atendió de sus varios padecimientos, 

entre ellos la muy posible gripe (que según otros autores pudo ser malaria o paludismo)

que sufriría, junto a gran parte de la tripulación, y ya descrita; el reumatismo.