Quizá tuvo Chanca algún problema con la Inquisición, pues su sobrina no fue aceptada como monja en el convento de Santa Clara de Moguer, “por ciertas cabsas que me han ocurrido e por estorvos que al dicho monasterio han venido”; aun así dotó el doctor a Beatriz con 20.000 maravedís. Tal vez los recelos del Santo Oficio se debían a las actividades del médicocomerciante que, además, se dedicaba a escribir libros sobre alquimia y el mal de ojo.

Se suele relacionar a este hombre singular con el siguiente pasaje de Pedro Mártir de Anglería: “a cierto médico eximio de Sevilla, a quien la autoridad del prelado y juntamente la codicia del oro le indujeron a dejar la vida tranquila de su patria, cuando estaba durmiendo con su mujer, le buscó la fuerza del rayo y se le quemó la casa con todos los muebles; atónitos marido y mujer, casi desnudos y medio quemados, apenas escaparon”. Este incidente ha dado pie a suponer que Chanca regresó a las Indias con Pedrarias Dávila en 1514, dado que el texto de Mártir en el que incluye esta anécdota se refiere al Darién. Ninguna otra fuente lo avala. Lo que sí es seguro es que hasta 1515 Chanca siguió enviando mercaderías a las Indias, actuando, en fin, como un comerciante. Se desconoce la fecha de su muerte.

Fue Chanca un autor prolífico. En febrero de 1493 envió desde la ciudad de la Isabela una carta al cabildo de Sevilla, que hoy es considerada una crónica indiana, y que se encuentra copiada en un códice de treinta y tres hojas que guarda la Biblioteca de la Real Academia de la Historia, ocupando de las páginas 17 a 31. En su carta, que el copista no transcribió en su totalidad, solicitaba Chanca al cabildo hispalense que se ocupara, o se siguiera ocupando, de los intereses económicos de su familia. Esta directa relación con el ayuntamiento podría indicar que el médico, de alguna manera, era un empleado a sueldo de la ciudad.

Sin embargo, el doctor no figura en ninguna nómina municipal.

La larga narración que el físico escribió a sus paisanos no tenía el propósito de historiar acontecimientos.

Tampoco lo animaba la idea de publicidad; si hubiera querido otra cosa, nada le hubiera resultado más fácil que escribir una nueva relación, o copiar aquélla con las interpolaciones necesarias, a su vuelta a Sevilla. A diferencia de los otros cronistas que enviaron sus noticias al mismo tiempo (Guillermo Coma y Miguel de Cúneo), Chanca es más fresco y espontáneo y sus lagunas son fácilmente completadas por los otros relatos. Los tres autores sólo podían exponer primeras impresiones, ya que el espacio transcurrido desde el inicio del viaje, 25 de septiembre de 1493, y el envío de las cartas, febrero de 1494, fue muy corto y escaso el tiempo de estancia en cada una de las islas que fueron avistando. Relata Chanca la navegación sin dar importancia a los nombres que el almirante iba poniendo a las diversas islas que descubrían, aunque sí tuvo cuidado.