Quizá tuvo Chanca algún problema con la Inquisición, pues su sobrina no fue aceptada como monja en el convento de Santa Clara de Moguer, “por ciertas cabsas que me han ocurrido e por estorvos que al dicho monasterio han venido”; aun así dotó el doctor a Beatriz con 20.000 maravedís. Tal vez los recelos del Santo Oficio se debían a las actividades del médicocomerciante que, además, se dedicaba a escribir libros sobre alquimia y el mal de ojo.

Se suele relacionar a este hombre singular con el siguiente pasaje de Pedro Mártir de Anglería: “a cierto médico eximio de Sevilla, a quien la autoridad del prelado y juntamente la codicia del oro le indujeron a dejar la vida tranquila de su patria, cuando estaba durmiendo con su mujer, le buscó la fuerza del rayo y se le quemó la casa con todos los muebles; atónitos marido y mujer, casi desnudos y medio quemados, apenas escaparon”. Este incidente ha dado pie a suponer que Chanca regresó a las Indias con Pedrarias Dávila en 1514, dado que el texto de Mártir en el que incluye esta anécdota se refiere al Darién. Ninguna otra fuente lo avala. Lo que sí es seguro es que hasta 1515 Chanca siguió enviando mercaderías a las Indias, actuando, en fin, como un comerciante. Se desconoce la fecha de su muerte.