Se desconoce el lugar de nacimiento del doctor Diego Álvarez Chanca, aunque siempre es mencionado como “natural de Sevilla” y para ello se cita como fuente el encabezamiento que puso el fraile de la Mejorada, tal vez fray Antonio de Aspa, al copiar la carta que en febrero de 1494 desde la Española envió al cabildo de la ciudad hispalense en la que narraban los seis primeros meses de su estancia en el Nuevo Mundo: “porque un doctor Chanca, llamado, natural de Sevilla...”, olvidando que al terminar de trasladar la carta, el mismo fraile menciona a Chanca como “notarial” de Sevilla, esto es, como persona notable o conocida en la ciudad. La única fuente coetánea que cita al galeno es Andrés Bernal, quien en sus Memorias del reinado de los Reyes Católicos al narrar la visita médica a Guacanagarí especifica que estaba allí “el doctor Chanca, médico, vecino de Sevilla”. Bernal, que le conoció, le llama bien a las claras “vecino” y no “natural” de Sevilla.

La primera documentación conocida del doctor nos lo presenta como físico real. Una anotación del contador Gonzalo de Baeza del 12 de junio de 1491 indica que se le habían entregado 30.000 maravedís a cuenta de su sueldo anual en pago a los servicios prestados a la princesa Isabel, a la que, quizá, acompañó a Portugal cuando casó con Alfonso, el hijo del rey Juan II; pues sólo en aquel tiempo pudo Chanca haber visto al rey Alfonso de Portugal curar las escrófulas con sólo tocar con sus manos a los enfermos de este mal: una anécdota que refirió el doctor en su libro sobre el mal de ojo. Un año más tarde, Chanca recibió el resto de su quitación.

Por despacho de 23 de mayo de 1493 se dispuso que fuese en calidad de físico en la segunda armada que Colón preparaba para las Indias; a petición del propio interesado, los Reyes atendieron el ruego de su médico y le mantuvieron el salario que como físico real tenía en la corte. No contento con ello, a los tres meses de llegar, Chanca consiguió de Colón un aumento de sueldo: 50.000 maravedís anuales; sin embargo, no obtuvo otro plus que pretendía cobrar: un día de sueldo al año de toda la gente que formaba parte de la colonia. La vida de Chanca en las Antillas no debió de ser fácil: crisis de autoridad del almirante, motín de Bernal de Pisa, grave enfermedad de Colón, enfrentamientos constantes con los nativos y una carencia grande de alimentos, unido a las nuevas enfermedades que aquejaban a los españoles, le hicieron sin duda ansiar volver a Sevilla. Debió de regresar en septiembre de 1494, en el mismo convoy que traía a Castilla a los disidentes Pedro Margarite y fray Bernardo Buil, pues desde 1495 figura afincado en Sevilla y recién casado con una viuda rica, Juana Fernández, que aportó al matrimonio dos hijos habidos de su anterior unión con Alonso López de Trasierra: Inés y Alfonso Guillén. Al morir Juana, en 1507, los hijos pusieron pleito al padrastro que, indignado de que le hubieran quitado “la dote”, aprovechó para hacer testamento y excluirles del mismo, haciéndoles pagar una deuda que él y Juana habían contraído años atrás en Salamanca con Diego de Ledesma a quien habían comprado una casa: 7.000 maravedís que ordenó que fueran satisfechos “la mitad de mis bienes y la otra de los bienes de la dicha mi primera mujer”. A los pocos meses de enviudar casó en segundas nupcias con Ana de Zurita que le entregó en dote 200.000 maravedís, dos pares de casas colindantes en la collación de San Vicente, 40.000 maravedís en ajuar y joyas, 20.000 en diecisiete bueyes y heredades. A cambio ofreció el doctor en arras “500 doblas corrientes”.

A partir de entonces se ve a Chanca vivir permanentemente en Sevilla, siempre en la colación de San Andrés, en la calle de la Pellejería.