La expedición avanzó hacia el asentamiento de La Navidad, aquel fortín improvisado con los maderos rotos de la nao Santa María que debía servir de faro a la cristiandad en el Nuevo Mundo. Lo que encontraron al desembarcar el 27 de noviembre no fue el vitoreo de los treinta y nueve hombres de Diego de Arana, sino una quietud sepulcral. El fuerte había sido reducido a carbón y ceniza. Las chozas donde debían resguardarse los bastimentos estaban demolidas, y los harapos de la ropa europea aparecían dispersos por el suelo, mezclados con la maleza que ya empezaba a reclamar su espacio. El oro esperado y las pertenencias de los marinos habían desaparecido en el incendio. 

El testimonio de Álvarez Chanca, remitido posteriormente al Cabildo de Sevilla, se aleja de la épica para adentrarse en la frialdad del examen ocular. Registró la desolación de los manglares circundantes, donde hallaron más cadáveres en descomposición cuyos decesos databan de pocos días atrás. La sospecha y la paranoia se extendieron de inmediato entre la tripulación de este segundo viaje: ¿habían sido traicionados por los nativos locales, o la codicia interna y las disputas por las mujeres de la isla habían desatado su propia ruina? 

El clímax dramático de la crónica del médico se sitúa en la choza del cacique Guacanagarí, aliado de Cristóbal Colón durante el primer viaje. El líder indígena recibió al Almirante tendido en una camilla de algodón, manifestando un profundo dolor y explicando que el fuerte había sido arrasado por Caonabo, un feroz cacique de las regiones interiores. Guacanagarí aseguraba haber resultado herido en la pierna al intentar defender a los hombres de Arana. 

Fue en ese instante cuando la mirada científica de Álvarez Chanca alteró el curso de los acontecimientos políticos. Colón, dubitativo y ansioso por mantener la alianza, solicitó al médico que examinara al cacique. Con delicadeza pero con rigurosidad profesional, Chanca retiró los vendajes ante la mirada atenta de los capitanes y los principales de la tribu. Las notas del doctor documentan el engaño con crudeza: al palpar el miembro supuestamente lisiado, no encontró rastro de herida, ni cicatriz, ni hematoma que justificase el reposo o los lamentos. Guacanagarí fingía.